La secuencia inicial de la cinta se desarrolla de forma pausada, bella en su concepción. En ella, un pequeño niño muere al caer por la ventana de un segundo o tercer piso, mientras sus padres tienen sexo.

Apabullada por la culpa, incapaz de reponerse del golpe, Ella (Charlotte Gainsbourg) comienza a exhibir un patrón de dolor poco frecuente que no parece ceder. Su marido (Willem Dafoe), un arrogante psiquiatra, toma entonces el trabajo de tratarla, pero la relación entre ambos comienza a volverse a tal punto enfermiza que la mujer comienza a usar sus encuentros sexuales como desfogue, tanto como una forma de castigarse y reafirmar que ya nada tiene sentido.

El hilo narrativo de Anticristo se interrumpe. A partir de ese punto, el director Lars Von Trier convierte su filme en una experiencia, un descenso a los infiernos de su propia recuperación como enfermo depresivo, con imágenes poderosas y repelentes a partes iguales y en las que lo único en común son sus diferentes aproximaciones al dolor (eyaculaciones de sangre y ablaciones de clítoris incluidas).

Todo parece conducir a una explicación de naturaleza mística, dados los simbolismos que en la cinta se presentan y los pasajes oníricos que van revelando los temores de los personajes. El dolor, la desesperación y el sufrimiento aparecen en formas visibles e incluso el guión discurre sobre la naturaleza perversa de la mujer. Nada tiene mucho sentido hasta que irrumpe en la escena un animal salvaje que anuncia la única interpretación posible al ejercicio del director danés: "El caos reina".

Referencia a su proceso terapéutico quizá, Von Trier enfatiza en su discurso la soberbia intelectual del hombre que instalado en su papel de terapeuta cree que puede controlar el caos.

Hay también un acercamiento a la mujer desde la crudeza visual y la violencia que le ha ganado a la cinta el calificativo de misógina, pues se advierte el continuo choque entre la maternidad, la sexualidad y el logro profesional, aunque al final veamos una reivindicación difusa de las víctimas del feminicidio, mientras se escucha el aria "Lascia ch'io pianga" (Déjame llorar), de Händel.